Zatiaľ čo Mario riešil problémy v Sarasalande, jeho vlastný ostrov obsadil jeho rival Wario. Mario musí pozbierať šesť zlatých mincí, získať prístup do svojho hradu, a vysťahovať Waria.
Hra nadväzuje tam, kde skončil Super Mario Land. Prvýkrát nám je predstavený Wario, Mariov známy z detstva, ktorý mu začal závidieť a rozhodol sa, že aj on chce svoj palác. Wario sa stal obľúbeným natoľko, že v pokračovaní tejto hry sa stal hlavnou postavou, a celkovo sa stal stálicou celej série a slúži ako antihrdina.
Predstavenie novej ikonickej postavy, Waria
Zatiaľ čo sa prvý Mario Land podobal prvému Mario Bros., druhý diel je inšpirovaný tretím Bros a Mario World. Vrátila sa overworld mapa, Mario nie je limitovaný ísť len do jednej strany a úrovne sú aj vertikálne. Na konci každého levelu sú dvere, ktorými treba prejsť a keď sa vám podarilo zazvoniť na zvonec, ktorý bol vysoko nad nimi, dostali ste sa do minihry, kde ste mohli získať power-up alebo život navyše. Jedná sa aj o prvú Mario hru, ktorá umožňovala ukladanie hry na prenosnej konzole.
Mapa sveta
Vývojári sa snažili dať Mariovi v tomto diely inú motiváciu než len pomáhať iným. Chceli, aby bojoval za niečo svoje. Preto nechali obsadiť hrad Wariom, pre ktorého to bol videoherný zrod. Na Mario Land 2 pracoval tím, ktorý stojí za prvým dielom, ale cítili sa odtiahnuto, lebo znovu museli robiť na hre, ktorej postavu nevytvorili. Tak vymysleli Waria, ktorého meno je kombináciou Mario a Warui, čo v japončine znamená zlý. Celý dizajn je tiež postavený na Mariovi a náhodou im sedelo aj to, že W je obrátené M.