Studená vojna sa blížila ku koncu, ale s ňou aj svetové zásoby ropy. Svetové mocnosti začali zvažovať svoje možnosti, až kým český vedec, doktor Kio Marv, nevyšľachtil nový druh rastliny. OILIX dokázala produkovať uhľovodíky s podobnými vlastnosťami ako ropa úplne bez problémov. Na ceste do Spojených Štátov je dr. Marv unesený vojakmi Zanzibaru, ktorí sa rozhodli držať svet ako rukojemníka kontrolovaním zásob ropy a dostatočnou zásobou nukleárnych hlavíc. FOXHOUND znovu povoláva do akcie Solid Snake-a, ktorý musí zachrániť dr. Marva.
MSX2 verzia druhého dielu prináša svoje vlastné zmeny a vylepšenia. Podobne ako v prvom diely, aj tento je primárne zameraný na stealth. Vojaci však majú periférnejšie zorné pole. Miesto toho, aby vás spozorovali až keď ste priamo pred nimi, teraz môžu vidieť v 45 stupňovom uhle aj otáčať hlavou. Snake je tiež vybavený novými možnosťami a po novom sa môže schovať buď pod stôl, alebo do vetracej šachty. Medzi nové hračky patrí robotická myš na odlákanie pozornosti.
Hlavne nenápadne
Rovnako ako jednotka aj do dvojky sa pustili v Konami bez Kojimu, s cieľom vydať ju len na západe na konzoly NES. Kojima sa nad pokračovaním ani nezamýšľal a to, že bez jeho vedomia vzniká nejaký druhý diel ani len netušil. To sa dozvedel nechtiac od kolegu cestou do práce, ktorý ho prosil, aby vytvoril plnohodnotný druhý diel. Kým Hideo Kojima došiel v ten deň do práce, mal vymyslený celý námet hry a hneď na druhý deň s ním oslovil svojho nadriadeného. Ten mu nápad odsúhlasil a duchovný otec série sa tak podpísal pod druhú hru.
Celkovo bol hlavný zámer počas vývoja, aby hra v hráčoch umocnila pocit skutočnosti počas infiltrovania nepriateľskej základne. To chcel dosiahnuť vylepšením vojakov. Okrem lepšieho zorného poľa bol pridaný dôraz aj na zvuk. Vojaci spozorneli ak hráč prešiel neopatrne po rôznych povrchov ako rozbité sklo alebo štrk. Hráč na druhú stranu mal možnosť plazenia, čo do hry pridalo nový rozmer. Plánov bolo oveľa viac a všetci členovia tímu si to užívali natoľko, až sa vo firme hovorilo, že sa ich práca stala ich hobby.
V teréne ste možno sami, ale stále máte podporu teamu
Nič však netrvá večne a celý proces sa musel zastaviť, keď Konami rozkázali, že celý Kojimov tím musí pomôcť s vývojom inej hry. Situácia sa skomplikovala natoľko, že sa hovorilo o tom, že sa zruší druhý diel nadobro. Všetko sa však zvládlo ukočírovať a Kojima s tímom sa vrátil k vývoju svojej hry. Všetko zlé je na niečo dobré a celému tímu toto spomalenie pomohlo sa na celý titul pozrieť s chladnejšou hlavou. Ubralo sa z nápadov, k dokonalosti sa dotiahli tie, ktoré už boli naprogramované a hra v roku 1990 vyšla exkluzívne na MSX2 a exkluzívne len v Japonsku. Neskôr je hra súčasťou viacerých kolekcií a dostáva sa tak do sveta aj na ďalšie platformy.
